南京市客运交通管理处是南京市交通运输局直属单位，负责我市行政区域内城市公共汽车（含小公共汽车）、城市旅游客车、出租汽车客运经营及公共客运服务设施的日常管理（另根据市政府“三定”方案明确的职责，还具体负责南京市轮渡公司客运经营的日常管理）。该处下设办公室、党群工作科、财务科、督察科、公共汽车管理科、出租汽车管理科、出租汽车个体管理科、投诉处理中心、教育培训中心及稽查第一～五稽查大队等14个部门。