南京市对江北新区轨道交通线网进行了修编，增加了过江线、纵贯线、枢纽线等。南京捷运4号线二期工程线路将在原有基础上延伸，增设野生动物园站，终点站在规划中的南京北站。根据《南京市（江北新区）轨道交通近期建设规划（2016—2020）》，南京捷运4号线二期全长约10.7公里，将从江南的龙江站延伸出，随后通过江底隧道横渡长江，在江北地区依次设有滨江站、中央商务区站、浦江站、浦珠站、定向河北站、珍珠泉站。而随着江北新区的升格和南京北站的规划逐渐明晰，南京捷运4号线二期将再度延伸对接南京北站。最佳化枢纽线，增加南京捷运4号线和宁滁南线进北站，规划南京捷运3号线延至北站。不仅是捷运4号线二期未来将进入南京北站。同时，规划的南京捷运15号线都将最终接入。

2016年12月1日，南京捷运S4号线（宁滁城际）滁州段工程环评第一次公示。

2016年12月13日，南京捷运S4号线（宁滁城际）滁州段工程环评第二次公示。