南京北站位于南京市江北新区高新区，东临南京软体园，北接卫星导航产业园与南京生物医药谷、南靠老山国家森林公园，西至南京绕城高速公路。最终确定的南京北站铁路综合客运枢纽位于104国道浦泗路以北、朱家山河以南、宁启铁路以东、龙盘路以西範围内，站内主体位于舟桥旅地块内。而在此前公开的各类档案中，南京北站的原选址在浦泗路以南、京沪铁路以北、宁启铁路疏解线东、捷运3号线林场车辆段以西的区域。不单单是铁路南京北站，桥北长途汽车站也有可能搬迁过去。南京北站被明确定位为和南京站、南京南站并列的三大枢纽站之一。根据规划，南京北站的建设列入了十三五计画，计画于2019年开建。

南京北站面积约37.6万平方米，将衔接18条铁路、7个方向、“三桥一隧八线”越江。规划车站总规模为8座站台、2条正线、14条到发线，预测2023年、2030年、2049年客运量分别为764万人、2035万人、3600万人。

南京北站是未来南京三个大型铁路客运站之一，同时作为江北新区主要客运站，主要办理宁淮、宁宣（黄）、宁通、宁滁合、宁蚌、宁宿新的部分城际客车始发终到以及合肥扬州方向（北沿江方向）、徐州扬州方向、合肥淮安方向途经客车的通过作业；少量办理沪宁城际铁路、京沪高速铁路跨线客车始发终到作业。

南京北站规划区内总计有南京捷运3号线、南京捷运4号线、南京捷运15号线、南京捷运S4号线4条轨道线。