弘化元年三月，明石藩江户家老间宫（内野圣阳饰），在老中土井家（平乾二朗饰）宅邸前切腹自杀。间宫的死，是为了控诉生性残暴枉杀百姓的明石藩主松平齐韶（稻垣吾郎饰）。齐韶是当今将军德川家庆之弟，明年将就任老中。这起自杀事件，震惊幕府内外。土井认为此事关乎国家存亡，密令御目付役岛田新左卫门（役所广司饰）暗杀齐韶。新左卫门受命后，开始四处奔走，并召集到御徒目付组头仓永（松方弘树饰）、剑豪浪人平山（伊原刚志饰）、侄子新六郎（山田孝之饰）等十一位强者。暗杀计画秘密準备着，却被齐韶的心腹鬼头半兵卫（市村正亲 饰）掌握了情况。鬼头曾与新左卫门是习剑时候的同门师兄弟，二人却选择了不同的道路。鬼头得知暗杀计画后，并未打草惊蛇，却开始密谋与新左卫门一战。新左卫门等人，认为只能在齐韶从江户参勤交代结束后，返回明石的路上埋伏作战，袭击的地点定在了交通要塞落合宿。只要尾张藩阻止明石藩一行经过藩内，明石藩就定会经过落合宿。为此，新左卫门恳请尾张藩的木曾上松御阵屋诘牧野靭负（松本幸四郎饰）出力相助。靭负的儿子与儿媳都死在齐韶刀下。刺客们立即着手改造落合宿，途中，山民木贺小弥太（伊势谷友介饰）决定加入。就这样，十三名刺客聚集在落合宿。

新左卫门一行做好全部準备工作后，开始等待明石藩的人马，却左等右等始终未现身。就在大家以为计画落空之时，拥有两百多名骑兵的大队，浩浩蕩蕩地向落合宿急驰而来。原来，鬼头为这一战準备了充足的人马。混战中，新左卫门引爆了大桥，切断了明石藩的退路。十三名刺客，对阵三百人兵团的生死之战，就此上演。

1963年公映的《十三刺客》是日本影史上的作品。该片的魅力在于别出心裁的武戏处理：后段13人战53骑的高潮戏是影片的特色，这场大规模杀阵长达半小时。该片打破了传统时代剧一对一的决斗模式，建立起以混战为看点的“集团对抗剧”这一门类。

相较于旧版，该版的最终大混战有了大规模的升级。双方人数对比变成了十三对三百，整场对战戏长达五十分钟。

落合宿的超大露天布景建在山形县庄内村。整个布景耗资两亿日元，占地面积相当于二十个东京巨蛋。美术组从2008年8月开始工作，搭建了近一年的时间。在拍摄过程中，摄製组还调来了巨型吊臂，得以从高处拍下落合宿的全景。

演员阵容强大；导演盛名在外；製作一丝不苟——从服装到布景，还有动作场面和爆破场面的有效调度和控制，都显示出该片的用心程度。从硬体到软体，《十三刺客》都是上乘之作，但毕竟是翻拍作品，视觉冲击力够足，但剧情缺乏惊喜，多少会让影片的精彩程度打些折扣。

《十三刺客》的结构也很像古代戏剧，大致可以分为三幕的结构，第一幕是阐述齐韶治下民不聊生，武士岛田领命刺杀齐韶；第二幕岛田召集众多高手密谋暗杀行动，众高手不仅严密策划行动，还在不断加紧练习，他们做好了战死的準备；第三幕就是正面交锋，齐韶护卫众多，十三刺客利用环境进行血战，一场难以想像的杀伐之战就此展开。主题明了，线索清晰，角色性格丰满，看这部电影，不禁让人想起来黑泽明的《七武士》。

翻拍剧始终还是有这种软肋，毕竟是拍过去已经现有的作品，1963年工藤荣一版的《十三刺客》被认为是时代剧的杰作，三池崇史一开始或许也就没有抱着超越前作的野心，但更多的心思是用在场面的调度上完整升级，1963版是十三人PK五十多人，2011版是十三刺客血战二百护卫，敌人较老版增加了4倍，可以想像一个血流成河的局面了。

人物塑造上，三池崇史在刺客首领岛田、藩主齐韶、卫队长鬼头、刺客平山、刺客木贺等人身上着墨最多，刺客军团是三池崇史重点刻画的对象，藩主齐韶和卫队长鬼头是敌对阵营，但因为有了敌对阵营两人的描写，才能让十三刺客的行动变得更有意义。首先是藩主齐韶的暴戾，这是刺客们行动的主因；其次是卫队长鬼头的忠心和善战，这让刺客们的行动受到很大阻力，这也让电影更具有看点。鬼头和岛田原本是好友，两人站在各自的阵营也代表着不同的势力。岛田不仅仅是希望人人安居乐业，也希望看到人人平等，他属于革新一派；鬼头是守旧派的武士代表，拒绝接受新的事物，他明知道齐韶以杀人为乐，但仍坚守自己的岗位，勇敢但愚钝。不管是齐韶还是鬼头，他们明显都是历史进步的阻碍。

剧情在前半段都是很好的，问题就是处在后半段长达50分钟的刺杀行动中，动作场面太多，导致导演根本没有更多传递思想的机会，导致前半段给出的很多时代性的思考有头无尾，反正是杀完了，片子也结束了，这种长段的动作戏虽然满足了感官需，但不能产生共鸣。

十三刺客攻击齐韶队伍的段落用去50多分钟的片长，这样的叙述手法和《十月围城》很相似，不过《十月围城》没有那幺多混战场面，而且动作场面仍然在为剧情服务，所以在剧情推动上没有太大的问题。《十三刺客》的刺杀行动一开始，除了刺客亮相时很威武地说明了来意，还有岛田大义凛然地拿出之前女孩写的条幅，之后的人物交流就很好了，就是一个字——砍。

影片的动作戏是很强的，这是必须要承认的，影片中展现了居高临下的弓箭射击、还有追击与反追击的巷战，以及爆破和火攻，各种战斗形式一应俱全，这样的群战戏三池崇史调度起来井然有序，在冲击力上丝毫不弱于现代的战争片。当然也会有人批评影片的不现实，但严格考究影片的现实程度的话，或许很多电影都没有拍出来的必要了。三池崇史确实玩儿的比较大，用13个人去消灭200多人的队伍，抛开现实性来说，影片的场面是可圈可点的。

齐韶最后的台词是：“今天是我一生中最开心的一天。”由此也可以看出这个人的心理的扭曲，崇尚死亡，追求痛苦，这样的人无论如何也不能让他活在世上祸国殃民。（新浪网崔汀评）