对于疾病研究，生物标誌物一般是指可供客观测定和评价的一个普通生理或病理或治疗过程中的某种特徵性的生化指标，通过对它的测定可以获知机体当前所处的生物学过程中的进程。 检查一种疾病特异性的生物标誌物，对于疾病的鉴定、早期诊断及预防、治疗过程中的监控可能起到帮助作用。寻找和发现有价值的生物标誌物已经成为目前研究的一个重要热点。

自1994年蛋白质组概念提出，定量蛋白质组学已经成为蛋白质组学研究的热点和中心。定量蛋白质组学便是检测正常与疾病状态下组织全部表达蛋白质在量上的差别。定量蛋白质组学中的蛋白质定量技术也成为发现生物标誌物的重要途径。

生物标誌物是生物体受到严重损害之前，在不同生物学水平（分子、细胞、个体等）上因受环境污染物影响而异常化的信号指标。它可以对严重毒性伤害提供早期警报。这种信号指标可以是细胞分子结构和功能的变化、可以是某一生化代谢过程的变化或生成异常的代谢产物或其含量，可以是某一生理活动或某一生理活性物质的异常表现，可以是个体表现出的异常现象，可以是种群或群落的异常变化，可以是生态系统的异常变化。

从功能上一般分为:

接触（暴露）生物标誌物

（biomarker of exposure）;

效应生物标誌物

（biomarker of effect）;

敏感性生物标誌物

（susceptibility ofbiomarker）

1.所选择的生物标誌物必须具有一定的特异性。

2.所选择的生物标誌物必须具有足够的灵敏度，即所选标誌物的水平与外接触水平要有剂量一反应关係，在无害效应接触水平下仍能维持这种关係。

3.所选择的生物标誌物分析的重複性及个体差异都在可接受的範围内。

4.所选择的生物标物要有足够的稳定性，便于样品的运送、保存、分析。

5.取样时最好对人体无损生，能为受试者所接受。

1.具有一定的敏感性，敏感性应高于一般生物检测指标，低剂量下就可测出，可微量操作;

2.具有反应的时间效应。反应要有一定的稳定时间，同时要快速; 3.效应标誌物在分子和生化水平上的效应要与高级生物学水平上的效应（如生长、繁殖）紧密相联，各级水平上的效应要有因果关係; 4.具有一定野外套用价值;

5.要求选取对受试生物损害较小的指标，技术易于掌握；

6.具有特异性与预警性（如AchE);

可以阐明各种污染物的作用机理，确定各种污染物与生物体之间已发生的相互作用，并与生态学效应相联繫，从而制定研究解决环境问题的方案 (如种群水平的下降等)。