建有化学实验实训中心、药学实验实训中心和一个省级示範生物製药实验实训中心、一个中央财政支持的生物製药实训中心建设项目（包括有4个化学实验实训室、电子天平室、药物製剂实验实训室、药物製剂综合实训室、光谱分析实验室、色谱分析实验室、模拟药房、生物製药技术实验实训室、药物提取分离实训室和药发酵实训室等）；并于省内外30余企业合作建立了校外实习实训基地。现拥有紫外分光光度计、高效液相色谱仪、气相色谱仪、红外分光光度计、大容量卧式恆温摇床、低速大容量离心机、凝胶成像系统、高速冷冻离心机、PCR仪、CO₂培养箱等大型仪器设备，设备总值1000多万元，可满足教学和科研实验的需要。

有新安新药研究所1个，近年来研发三类以上新药6个。成立安徽医专药学系-立方药业集团产学研理事会，与立方药业订单式培养药学专业（製药工艺设备套用方向），即製药工艺、设备和法规三者合一的複合型、套用型人才。成立生物製药技术专业（群）教学指导委员会，在企业的指导下制定专业人才培养方案，从而为药厂、医药公司、医院等单位培养了大批综合素质高、实践能力强的高素质技能型人才，毕业生受到企业的一致欢迎。

药学系设有职业技能鉴定办公室，面向全省开展西药药剂员、化学检验工、医药商品购销员等职业资格鉴定。我系学生在毕业前即可取得相应的职业资格证书。药学系是安徽省药监局挂牌的《药学专业技术人员继续教育基地》。