临床医学系设有临床医学和康复治疗技术两个专业。临床医学专业为省级特色专业，2011年为了促进就业，在原临床医学专业基础上又分出了影像、眼视两个方向班。临床医学专业也是安徽省卫生厅为农村定向培养卫生人才专业，是在全省专科层次率先开展“工学结合”人才培养模式的专业。康复治疗技术专业是依託省运动医学会等行业支持开办的新兴专业，该专业2011年被安徽省教育厅立项为“卓越康复技师培养创新实验区”。

临床医学系共有教师34人，附属医院教师近200人。高级职称的教师占教师总数的41%，其中硕士以上学历占44%。有现代化临床技能实训中心、康复治疗实训中心和影像实实训中心。具有附属医院3所，教学医院2所，实习医院20余所。2011年就业率98.6%、2012年就业率97.4%。 自2008年以来，我系共获得的省、校级质量工程项目19项。教师担任国家级和省级规划教材主编及副主编教材20余部，参编了30余部，编写辅导教材4本；近5年我系教师发表了教科研论文论着共50余篇。