生物扰动可以通过混合沉积物而改变沉积底质，也可以通过沉积物的压实、脱水和生物分层、生物沉积、生物侵蚀等而产生新的结构。早期关于生物扰动程度的研究主要採用定性描述的方法，文献中常见这样一些术语如强扰动、中等扰动、弱扰动等。生物扰动强度应是对整个沉积物受生物扰动程度的半定量化估计。

Reineck(1963)曾根据墨西哥湾箱状岩心中沉积纹层被生物扰动破坏的面积百分比建立了一个半定量的生物扰动评价等级，他将生物扰动分为0～6等7个等级。但运用这种方法很难在不同的沉积物中建立一个生物扰动等级的对比标準，而且在实际工作中扰动面积百分比的度量既费时又难以获取。

Droser and Bottjer(1988)也依据扰动面积百分比建立了6个等级的生物扰动评价指数。为了野外工作方便，他们製作了放大的各级生物扰动指数图例示範卡(flash cards)来简化生物扰动评估。在实际工作中，可根据不同的岩性和沉积物製作相应的图例示範卡来度量生物扰动等级，但生物扰动指数的定义应该相同，以便相互比较。这种方法主要用于简单遗蹟组构的评价和垂向剖面的连续度量，但对发育多个世代阶层关係的複杂遗蹟组构以及水平扰动量的评价并不敏感。

Taylor and Goldring(1993)也提出了一个生物扰动指数的划分方案，它是用受扰动或生物挖掘的那部分沉积物在整个沉积物中所占的百分比来表示的。这一方案将生物扰动划分为7个(0～6)等级，并对每一扰动等级均从生物潜穴的分异度、叠加程度和原始沉积构造的清晰度等几个方面作了详细描述，加以限制。该方案的优点是术语简单，易于识别，考虑到了群落结构的影响，认识到了高的生物扰动强度，往往是不同组合的遗蹟相互叠加的结果。

无生物扰动由0级指数来表示。指数1和2分别代表稀少和低水平扰动，此时物理沉积构造远比生物成因构造占优势，遗蹟化石趋向于向上逃逸或调整其位置(如Diplocraterion)，或表现为低分异度和低丰度的潜穴(如Planoliies)，其造迹生物为机会生物的殖居者(opportunistic colonizers)，由于高的沉积或侵蚀速率，生物殖居窗(colonization window)延续时间短，成熟的均衡生物群落(equilibrium community)出现高的环境压力如低氧、盐度变化、毒性和生物的捕食等也可导致低水平的生物扰动。中等到高水平生物扰动由指数3和4来表示，原生沉积层理被高度破坏；随着机会生物殖居者逐渐被均衡生物群落所代替，遗蹟化石分异度提高，生物扰动殖居窗延续时间长，生物扰动强度也随着加大。强烈到完全生物扰动(指数5到6)反映造迹生物的扰动改造对沉积物的最终保存起到决定性的作用，造迹生物以均衡生物群落占优势并对沉积物反覆扰动改造，潜穴多次叠覆，可形成不同造迹深度的多个世代阶层。