马佳氏以地为名。原氏族起源地"嘉里库马佳"。《八旗满洲氏族通谱》卷七记有:"马佳，本系地名，因以为氏。其氏族散处于绥芬、马佳及各地方"。位于今黑龙江牡丹江一带。该氏族随军入关后少部分为官，大部分经商。本氏族起先多为镶黄旗和正红旗，入关后部分分支被封为正黄旗。

据《马佳氏谱书》族源记述:"原夫我远祖，所自出实与费莫氏之先，同属一源。会遭家难，播迁于嘉理库马佳地方，因以为氏"。从上述记载中可以看出，历史上女真人马佳氏这一姓氏的出现，是由宗族遭受灾难而拨出一支择地另居后产生的。

入关后满族同化了部分马姓氏汉人，并授予其旗人身份。此类满族姓氏非原马佳姓氏，可以根据该氏族祖上属于哪一旗下来区分。