医学技术系设有医学检验技术、医用电子仪器与维护、眼视光技术、医疗电子工程等四个专业。医学检验技术、医用电子仪器与维护专业为省级特色专业，眼视光技术专业为校级重点专业，医疗电子工程为新开设专业，2012年度首次招生。2011年，医学检验技术和医用电子仪器与维护专业双双获得中央财政支持的“提升专业服务产业能力”项目。

医学技术系师资力量雄厚、教科研能力强。现教师队伍有32人，其中有教授1人，副教授12人，讲师14人，硕士研究生20人；省级专业带头人2人，校级专业带头人2人；省级教坛新秀1人，校级教坛新秀3人；校级教学名师1人，校级骨干教师2人，双师素质教师18人；并有一支由行业专家组成的较为稳定的外聘教师队伍。目前系部承担省级精品课程1门，校级精品课程5门，省级科研课题2项、校级科研课题3项，校级教研课题5项，获得省级教学成果一等奖1项、校级教学成果二等奖5项，省级示範实验实训中心1个、校级创新实验区1个，同时肩负安徽省医疗器械行业协会、眼视光技术职业资格技能鉴定等社会工作。 医学技术系重视校内外实习实训基地的建设。校内拥有包括医学检验仿真实训室、医疗器械生产及维修仿真实训室、眼视光仿真实训室在内的3个实训中心，共有实训室30间，各类大型设备近千万元，可完成专业实训项目共423个，2012年，医疗器械类实训中心被立项为省级示範实训中心。校外实习基地分布合理，广泛分布于全国各地二甲以上医院和大中型企业单位，分布区域包括北京、上海、南京、天津、深圳、广西和安徽省各地市，医用电子仪器与维护专业和眼视光技术专业基本实现顶岗实习与就业零距离。 医学技术系始终坚持“以服务为宗旨，以就业为导向，校企合作、工学结合”的人才培养模式，注重专业技能训练和综合素质的培养，毕业生以基础知识扎实、实践操作能力强、综合素质高、持“双证书”就业而得到用人单位的一致好评。近三年就业率达到100%。