三合一测序,出自TBC公司,测序类型ABI 3730。
基本介绍
- 中文名:三合一测序
- 出自:TBC公司
- 测序类型:ABI 3730
概念
TBC公司自2003年成立以来,一直致力于微生物、植物、动物等方面测序研究,现已完成近50个全基因组测序和生物信息学分析,研究成果发表于Nature、PNAS、Molecular Microbiology、Journal of Bacteriology、PLoS ONE等国际权威刊物。由此奠定了TBC在基因组学、功能基因组学领域内权威专家的领头地位
经过多年的实验研究,在使用ABI3730、Roche454、Illumina solexa进行测序服务的过程中积累的大量经验,基于对各种测序方法优劣势的总结,现推出ABI 3730+Roche 454+Illumina Solexa全基因组测序三合一最优解决方案!
测序流程
Roche 454测序由于其较高的读长和测序质量,可以很方便的进行de novo的基因组框架构建,但由于其性价比较低,我们建议仅进行de novo拼接所必需数量的454测序。对于4-5Mb的常见原核基因组而言,大约需要80-100Mb的454测序结果以完成基因组的初步拼接。Solexa测序性价比较高,虽然难以用于denovo测序,却可以通过粘帖的方式迅速提高基因组区域的覆盖倍数,以得到準确的硷基信息。同时,使用双末端测序的Solexa序列可以为拼接得到的基因组片段提供进一步拼接所需的定位信息,简化后续的Gap filling工作。
454和Solexa作为新一代的测序技术,在硷基準确性上均有一定的不足。454测序技术由于使用焦磷酸测序技术,连续单硷基重複区域的测序质量很差,常常会引入单硷基的缺失或者插入。而Solexa测序技术由于四种硷基萤光信号的不平衡,会出现AT分离和基因组某些位点的特定测序错误。由于两种测序方法在原理和操作上均不相同,将两者合用,相互比较结果,可以避免各自的测序系统性错误,从而大大提高基因组测序的準确性。
ABI 3730作为传统测序方法,有其独特的优势,由于其序列读长最长,準确度最高,单位样本费用最低,是进行PCR测序的唯一选择。当使用新一代测序系统完成大规模测序后,基因组通常都还会留有一些未能覆盖到、硷基质量差或者重複的序列,使基因组无法完整呈现,因此,可以利用ABI 3730的优势,使用ABI 3730测序进行基因组Finish工作,可以在1-2个月内得到最佳测序结果。
三种测序比较
测序名称 | 优势 | 劣势 |
ABI 3730 | 读长最长 | 周期较长、需较大的人力物力、价格昂贵 |
Roche 454 | 读长较长 | 性价比较低; 连续单硷基重複区容易发生硷基移码错误 |
Illumina solexa | 通量最高,价格最低,硷基错误率1.5% | 读长最短 |
TBC服务承诺
1.454测序平均读长承诺350bp,提供10倍以上的测序结果;GA IIx Solexa测序平均读长承诺50bp,提供80倍以上的测序结果。
2. 全基因组精细图达到全基因组少于100个Contigs,基因组覆盖度大于95%,基因区覆盖度达98%以上,单硷基错误率低于十万分之一。
3. 完成图得到完整全基因组序列,无片段错拼和遗漏,单硷基错误率低于十万分之一。
4. 提供超高通量,高效率,高重複性,高準确率,低成本,完备的生物信息学分析。