赵方庆，博士，研究员。2001年获青岛海洋大学海洋生物学、计算机技术及其套用专业学士学位。2006年获中国科学院海洋研究所博士学位，研究方向为海洋微藻的进化基因组学。在此期间获得了中国科学院院长特别奖(2006)，中国科学院优秀博士论文(2007)，国家海洋科学技术奖一等奖(2012)。2006年7月至2010年底在美国宾州州立大学比较基因组学和生物信息学研究中心，从事计算生物学和基因组学的研究工作。2010年10月被中国科学院北京生命科学研究院聘为“百人计画”研究员，研究方向为计算基因组学。现为中国科学院北京生命科学研究院计算生物学联合研究中心秘书长、中国生物工程学会计算生物学与生物信息学专业委员会副主任委员、副秘书长，《Briefings in Bioinformatics》、《Hereditas》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》等国际刊物编委。近年来，以第一作者或通讯作者身份在生物信息学和基因组学领域国际刊物发表学术论文40余篇。
基本介绍
- 中文名：赵方庆
- 国籍：中国
- 民族：汉
- 出生地：山东
- 职业：研究员
- 毕业院校：中国科学院海洋研究所
- 主要成就：建立了一系列计算基因组学算法和工具
研究方向
1、基因组变异与精準医学
遗传变异不仅是人类表型变化的基础，也是疾病易感性的基础。近年来，以基因组测序为核心技术的精準医学研究成为大家关注的热点，基因突变信息的识别是精準医学的核心关键技术。然而，目前对海量基因组数据中遗传变异，尤其是结构变异的挖掘算法远未成熟。重点关注基因组结构变异挖掘中的关键性问题（如结构变异中断点的精準定位、重複序列区域附近的结构变异识别等），提出新的计算方法，建立较为完善的统计学模型及质量评估标準，以便快速、準确的从海量数据中挖掘出基因组结构变异。针对精準医学中的测序数据，深度挖掘和分析其中的遗传变异，以期鉴定易感基因、揭示遗传变异和疾病表型的关係。
2、环形非编码RNA组学
近年来，环形RNA成为非编码RNA领域一个新的研究热点。与现有的线性非编码RNA分子不同，环形RNA是一类由线性RNA通过3’，5’-磷酸二酯键将两端相连而形成的RNA环状分子。然而由于计算方法及研究手段的限制，目前只发现少部分环形RNA并且绝大多数无法了解其功能。尤其是目前对更多环形RNA功能的探知和验证仍需要更多新颖的理论假说和大量的实验验证。但在此之前，能否从海量的RNA测序数据中高效识别环形RNA及其不同形式的转录本，成为后续功能验证及表达调控机制研究的重要前提。针对环形RNA研究中的关键计算生物学问题，建立新的计算方法和工具，包括CIRI和CIRI-AS等。此外，发现来源于内含子和基因间区的环形RNA约占所有环形RNA的12-20%，这提示环形RNA不仅仅是线性转录产物的副产物，而是作为一种非编码RNA，与编码RNA有着不同的形成机制。结合断点识别和最大似然估计算法，实现对各可变剪接丰度的準确估计以及全长序列组装与重建，为后续研究环形RNA的形成及可变剪接机制提供了重要的方法学工具。
3、宏基因组技术与人体健康
基于高通量测序的宏基因组学技术，已成为研究微生物群落组成、结构及功能最主要的技术手段。然而受高通量测序技术的限制，宏基因组研究中所利用的实验技术和计算方法遇到了很多困难。如何对缺乏参考序列的海量混合测序片段进行拼接和组装，这是所有宏基因组学研究面临的首要问题。此外，相对于研究基础较多的人体微生物组，新环境下宏基因组的研究更缺乏有效的实验和计算手段。针对宏基因组研究的关键问题，重点开发基于单细胞测序技术的宏基因组拼接、序列归类和注释等方面的算法和工具。利用功能基因组学和代谢组学技术，研究人体口腔和肠道微生物组，揭示不同病理条件下微生物群落结构的组成、代谢功能及其变化规律。整合基因组学、计算生物学和系统生物学的研究手段，了解人类健康、生物被膜形成机制以及宿主与致病菌的相互作用等科学问题。
近期代表性论文
- Zhang Y, Ji P, WangJ & Zhao F. RiboFR-Seq: a novel approach to linking16S rRNA amplicon profiles to metagenomes. Nucleic Acids Res, 2016, doi:10.1093/nar/gkw165.
- Gao Y, Wang J, Zheng Y, Zhang J, Chen S & Zhao F. Comprehensive identification of internal structure and alternative splicing events in circular RNAs. Nature Communications, 2016, in press.
- Zhao H & Zhao F. BreakSeek: a breakpoint-based algorithm for full spectral range INDEL detection. Nucleic Acids Res, 2015, 43 (14):6701-6703.
- Gao Y, Wang J & Zhao F. CIRI: an efficient and unbiased algorithm forde novocircular RNA identification. Genome Biology, 2015, 16:4.
- Ye N, Zhang X, Miao M, Fan X, Zheng Y, Xu D, Wang J, Zhou L, Wang D, Gao Y, Wang Y, Shi W, Ji P, Li D, Guan Z, Shao C, Zhuang Z, Gao Z, Qi J & Zhao F. Saccharinagenomes provide novel insight into kelp biology. Nature Communications, 2015, 6: 6986.
- Wang J, Gao Y & Zhao F. Phage-bacteria interaction network in human oral microbiome. Environmental Microbiology, 2015, DOI: 10.1111/1462-2920.12923.
