不亲和基因 incompatibility gene：产生不亲和性的基因．一般用S表示，复等位基因以S1，S2，…等表示．

大体可分为二类：一是雌蕊的基因与花粉含有的基因相同时，便会阻抑花粉管的伸长，这是由花粉表现的性质（它取决于花粉的基因型、即配子体的基因型）所规定的，称为配子体反应（gametophytic reaction），可以山德氏菸草（Nicotiana sandre）为代表。这类反应中S基因间无显隐关係，通常是各以独立的性状表现其个体反应。菌类中的异质结合性（heterothallism）也可据此来说明。另一方面，也有花粉的性质受产生它的孢子体基因型的影响，此称为孢子体反应（spo-rophytic reaction）。据认为这是因为还残有孢子体产的物质通过细胞质对配子体的影响，Cardamine pratensis可以作为这方面的代表例子．此时S基因间所表现的显隐关係和个体反应是多种多样的，其基因的分析是极为複杂的．相同的基因相互颉抗的现象可用对立基因（oppositional gene）来说明，但在亲和性的组合中也有的认为具有互补作用。在套用一组复等位基因不能解释以及不仅是对立基因而且还必须有促成花粉管伸长的亲和基因（Sympathetic gene）存在等场合，每因材料不同而有很多的变型，2000年以来，虽已注意到多倍性与不亲和基因的关係，但始终还不能从基因的生理机理上进行说明。