北港溪在阿里山西麓丘陵地带林内乡七星岭发源，上游是虎尾溪，从虎尾平和厝以下称为北港溪。其他支流甚多，分别有三叠溪、石龟溪、大湖口溪、石牛溪。是云嘉平原的主要灌溉河川，孕育作物有稻米、花生、糖和黄麻。最后在云林县口湖乡出海。由于北港溪上游，阿里山一带的水土皆因观光、农业大量开发，使得北港溪的土壤沉积相当严重，加以下游流域废水污染也相当严重，其中养猪废水占了45%、生活污水有35%、工业废水则占15%，在2006年环保薯发表水质检测调查报告时，北港溪有47.2的河段为严重污染（在石榴班桥以下之河段，水质皆遭到严重污染，此段污染程度高达83%），比2004年的43%，增加4.2%。，列为台湾污染最严重的河川第一名。

北港溪，是主流域位在台湾中西部云林县、嘉义县的河流。长度约有82公里，流域面积则有645.21平方公里，遍及云林县九个乡镇，分别为斗六市、斗南镇、虎尾镇、土库镇、大埤乡、北港镇、口湖乡、水林乡、古坑乡；还有嘉义县六个乡镇：溪口乡、新港乡、六脚乡、东石乡、大林镇、梅山乡。

北港溪由北港这个地名而来，在北港镇通往眉原与惠荪林场的大道上，建有台湾知名的古桥，糯米桥，此桥建于清朝光绪年间，以红糖、糯米、蓖麻，溪石为材料，用古法建成。先民利用糯米、黑糖、石灰，代替水泥作为固定石块的材料，因而得名。

北港溪

由于北港溪上游，阿里山一带的水土皆因观光、农业大量开发，使得北港溪的土壤沉积相当严重，加以下游流域废水污染也相当严重，其中养猪废水占了45%、生活污水有35%、工业废水则占15%，在2006年环保署发表水质检测调查报告时，北港溪有47.2的河段为严重污染（在石榴班桥以下之河段，水质皆遭到严重污染，此段污染程度高达83%），比2004年的43%，增加4.2%。

1959年在台湾发生的严重灾难─八七水灾，就是暴涨洪水冲垮北港溪防洪工程沟堤后，浸淹北港市区所造成的，隔年受到雪莉颱风影响，也发生了严重的水患。在清朝嘉庆年间，浊水溪氾滥且发生改道的现象，南向注入北港溪，水港溪成为浊水溪的下游支流之一，而水患破坏了北港溪畔的笨港聚落。1911年兴建堤防切断浊水溪和北港溪的水道，北港溪回复到自身的河系。

北港溪和朴子溪的出海口间所形成的区域为鳌鼓湿地，属于台糖公司所有，湿地上有水田、旱田、防风林、草泽、深水沼泽、泥质滩地等栖地类型。每年9月到次年5月是赏鸟期，观察记录指出水鸟约有70种，鹬科有23种，加上其他鸟类约可观察到154种以上的鸟类。由于湿地曾计画设立工业区，而引发当地居民与环保人士的对立，当地居民组织“赶鸟队”，影响赏鸟活动，后因嘉义县政府的环境评估报告无法通过，开发案暂时搁置.

北港溪

三叠溪

石龟溪 (又名华兴溪、倒孔山溪)

大埔美溪

麻园溪

九芎坑溪

虎尾溪

大湖口溪

石牛溪

侖子溪

嵌顶溪

松柏坑溪

云林溪

芭蕉溪

海丰侖溪

头溪

牛埔子溪

埤子头溪

石榴班溪