功能克隆法，需要我们对通过基因表达出的蛋白质进行分析鉴定，找到缺陷或者具有明显生理特徵的蛋白质，然后分离纯化该蛋白质通过测序胺基酸序列，推测出可能的mRNA序列，设计引物，利用相关的DNA或cDNA做为模板来进行PCR扩增，最终得到目的片段，再对片段进行分离测序分析。这种操作方法也存在着局限性，操作过程也比较繁琐，需要进行多步实验才能完成，另外有很多经基因表达的蛋白质我们并不能精确的了解到底是什幺，即使了解也不一定能提取出的足够的胺基酸来进行準确的测序，从而达不到反推出mRNA的目的。所以在实际的套用中并不经常用到,其他的相关克隆方法如:序列克隆法;定量萤光PCR等较为常用。