由于任何一个系统的功能既与系统内部结构有关，又与环境有关，因此，功能分析可从两个方面进行。①从功能与结构的关係中分析系统功能。一般说来，结构决定功能。当组成要素不同时，有不同的功能，如木材和钢材具有不同的功能;当要素相同而结构不同时，有不同的功能，如金刚石和石墨(都由碳原子组成)具有不同的功能;不同层次的结构，有不同的功能，如省政府和县政府就有不同的功能;同一功能，还可由不同的结构来表达和实现，如公共运输既可用汽车，也可用电车，又如计时，既可用机械錶，也可用电子表。②从系统与环境的关係中分析系统功能。由于系统与环境发生着物质、能量和信息交换，因此可从输入和输出分析系统的功能。输入说明环境对系统的影响，可是变换和输出，不仅能反映输入的影响，而且也能反映系统结构和调节机制的作用。系统的输出必须适应环境的需求，如果不适应，还要反作用于系统，改变系统的功能。功能分析应与结构分析相互结合，才能达到全面认识系统的目的。目前已广泛套用于自然科学和社会科学研究中。