哈尔滨工业大学科学与工业技术研究院下设4个部门：科学技术研究院、工业技术研究院、基础与交叉科学研究院、科研生产管理中心。改革的目的是为了有力地促进资源整合和优势发挥，加强基础与交叉学科研究，保障重大标誌性项目的顺利实施，促进科学研究与产业化的有机结合，推进产学研联盟，加快科研工作步伐。

面向总装备部、各军兵种、国防科工委、军工各集团及研究院所、军工企业，国家自然科学基金委、教育部及学术交流、国际合作。

装备科研部：总装备部所有计画项目、总参谋部及各军兵种计画项目及其横向协作项目

军工基础与协作部：国防基础科研计画项目、各军工集团横向协作项目、国防科技各层次实验室、套用研究中心、研保与技术改造投资项目等。

基础研究部：国家自然科学基金、省市各类基金、国家各类科技人才基金项目，国际科技合作与学术交流，理科、文科建设。

面向科技部、教育部、发改委等中央各部委及中央企业，地方政府（各省、市）和各类企业民品科研及国家级基地建设与管理。

民品科研部：面向科技部、教育部、发改委、信息产业部、交通部等国家各部委及中央企业的纵向民品科研。

科技开发部：面向地方政府（各省、市）和各类企业，涉及科技项目、联合机构、参展活动；成果孵化、技术转移，按企业化运作的科研项目管理。

平台与基地建设部：依託学校建设的国家级、省部级重点实验室、工程实验室及工程中心，校级科研机构以及与校外单位的联合机构的立项、建设、评估、审批和管理。

直属单位的综合管理，包括理学研究中心、微纳米技术研究中心、高超声速技术中心等基础、新兴和交叉科学研究的孵化 与培育，人力资源管理与研究生管理、研究生培养，科学园物业管理。

科研项目的公共管理，包括科学与工业技术研究院办公室职能、重大标誌性项目、批产等效益化项目的管理等，下设综合 办公室和三个专项办公室：项目管理办公室、成果与智慧财产权管理办公室、质量 与认证中心。