蔡清琳本为基层警员，后因理念不合离职。1907年11月，他对新竹北埔山区的汉人与赛夏族原住民自称为“联合复中兴总裁”，谎称清廷大军即将登入新竹，并利诱赛夏族大隘社头目大打禄（汉名赵明政）加入，开出高额猎杀奖金（如“夺一把日本巡查配剑赏二十元”）。之后他并于11月14日，煽动民众杀害北埔地区的日警与平民共57名，但蔡清琳方面却毫无动静。后来，附和的赛夏族人知道受骗，将蔡清琳杀害。不久，台湾总督府警方前往北埔支援日方警力，并就此事逮捕百余人。经审判后，该事件的首从共有9人被台湾总督府判处死刑，有期徒刑或行政处分者则为97人。并且秘密处死许多客家人。但由于当时对原住民采怀柔政策，对于赛夏族仅没收其枪械。而赵明政则佯死隐居避祸。

此反日事件的起事者多为镇守隘勇线的汉人兵勇或隘勇线外的原住民，台湾总督府以此为借镜多加整顿该组织，另外，也重新调整与加强理蕃政策。改採不借汉人之手，直接管理原住民的政策。不过，之后却因此引起更大的雾社事件。