京都府警搜查一科刑警时矢历彦是位优秀的刑警，人称“京都府警的时矢”。但是，在追蹤嫌疑人能见冬马时，他从废弃工厂的储水罐上掉落。当他醒来时，发现自己已经夫去了当刑警的20年间的记忆。时矢误把来探病的前搭档福知当成是黑道分子。然后，他从被任命与他搭档的新人女刑警佐相智佳那里听说女议员椎名苍被刺杀。警方虽然检查了现场遗留物，但一无所获。时矢隐瞒了自己失忆的事，开始调查新发生的杀人案。那起案件的被害人、记者今宫贤被人吊在公园的铁棒上。铁棒与遗体前面贴着形状奇特的胶带。时矢怀疑这是犯人所要传达的信息。而议员被害案现场也留下了拉丁字母写成的让人看不懂的血书。但是，有名的议员与无名的记者之间看起来似乎没有交集。不过，当他凑近着胶带时，突然脱口而出：“这是同样的气味。”让周围的人吃惊。原来，时矢丧失记忆的同时，嗅觉等感官变得异常敏锐。他闻到了与议员被害现场的遗留物一样的气味。因为周围的人仍认为时矢是优秀刑警，所以以他的自言自语为契机，警方成立了联合搜查本部。然而，没有找到两起案子是同一人所为的线索，调查陷入困境。在本部内，时矢的立场也变得微妙起来。就在这时，时矢分辨两起案子中犯人留下的图形与气味，凭直觉感到案子与“组香”有关。当他进行调查时，与案子有关的着名小说家鸣岛恭三的身影浮出水面。就在这时，又发生了第三起案件。

　　曾经的杰出刑警时矢历彦，现在处于“记忆为零”状态。他从前妻、律师奥畑记子那里得到一些档案。档案上写着，七年前时矢逮捕的犯人有可能是被冤枉的，当事人在最近接受假释审查时提出再审请求。然而，失去了成为刑警以来20年间记忆的时矢连与前妻相遇和分手的事都记不起来，更何况是七年前的案件。他听自己的新搭档佐相智佳说，七年前，金融公司社长逢泽省三从自家别墅的台阶上跌落而死，当时负责案件的时矢认为是别墅的设计师芹野泰夫推倒的逢泽，所以逮捕了芹野。时矢到监狱会见芹野。芹野神色坦然地说真相全在自己的记忆里，刑警所下的结论不是唯一的真相。时矢觉得也许真是自己製造了冤案，于是，他与智佳一起展开再调查。当时发生案件的别墅虽然处于密室状态，但是，当他们再次查访时，从住在相邻别墅的出版社社长元城明日香口中得知了出乎意料的真相。

　　京都市内的地下停车场发生了一亿元现金被抢事件。被害者是贵金属交易公司的会长夏富辉一郎。他说是为了与海外买方做交易到达现场，被一个骑机车的男人抢走了作为货款準备的现金。负责搜查的京都府警搜查一科刑警时矢历彦和新人刑警佐相智佳听辉一郎的女婿武臣说，昨天晚上曾接到神秘电话。内容是“收到赎金，会放了被绑架的儿子”。但是，武臣与妻子纱辉子的独生子、高中中小辉什幺事也没发生，他们以为那是恶作剧电话。然而，更诡异的事情发生了。夏富家的信箱收到一张一万元的钞票，上面写着“让夏富会长带一亿元到停车场来”，还夹着几根头髮。经科搜研鉴定，头髮是亚洲男子的，但与夏富家里哪个人都对不上。事情越来越扑朔迷离。这时，警方查到了具有冲击性的事实。放进信箱的一万元纸钞，是那天早上被抢走的一亿元中的一张。听到这个讯息后，时矢凭直觉感到，这个案子与通常的从绑架到要赎金、放人质的绑架案流程正相反。也就是说，绑架案将马上发生。

　　深夜，在京都市内某家古董店，一根价值500万日元的金条被盗。时矢历彦在案发当晚偶然路过店门前，看到过一个奇怪男人，他把这当作调查的方向。听店长高泽说店里有防盗监控时，时矢和智佳都鬆了口气。这时，网路犯罪对策室主任但马正树找到二人。他告诉时矢此案不是单纯的盗窃案。在但马催促下，他们看到防盗录像，发现金条在空中悬浮，然后就从画面上消失了。从影像上看，简直就是“透明人”作案。时矢和智佳大吃一惊。实际上，这家店从安保公司引进的防盗监控系统，只要设定年龄和性别等条件，就可以把符何条件的客人从画面上抹掉。也就是说，犯人侵入安保公司的系统，设定了不拍摄到自己的条件，同时，解除了大门的警报系统，进入店中，堂而皇之地盗走了金条。但马将此案定性为前所未见的黑客利用网路犯罪，13系也加入了调查。防盗系统的开发者、安保公司职员北浦菜月也提出全面协助警方。就在这时，高泽被人杀死在店中。另外，虽然时矢已经记不起来了，实际上，三年前，但马曾短暂地在13系工作，而且与时矢搭档，不知为何，他对时矢怀有强烈的恨意。

　　时矢带着搭档佐相智佳来到位于京都深山中的“八咫神村”。“八咫神村”被称为神明所住的村子。时矢听说这里发生了坠落死亡事故，所以很有兴趣。面对干劲儿满满的时矢，智佳觉得失忆前的时矢刑警绝不会这样做。从山崖下坠落而死的是村公所的职员浅木浩太郎，第一发现人是村民小野千秋和羽山敬太。当时警方断定是失足坠落，并非谋杀案，但是村长森幸介却宣称这是八咫神的惩罚，令村中人心惶惶。所谓八咫神是这个村子自古就传说的鸟神，村民们世世代代都相信八咫神住在悬崖上的鸟居中守护着村子。森村长煞有介事地说，相传在五百年前，企图霸占村子的野武士突然苦闷地走向鸟居，像鸟一样从悬崖飞坠而下。而且，正如传说所言，村中曾发生过多次类似事件。一年前，村中的消防团长饭田透要背叛村子，结果从同一个悬崖上摔死了。因为，村长断言这必定是天罚。时矢对这个案子的兴趣越来越浓。就在这时，视时矢为对手的同事福知市郎先下手为强，开始调查未解决案件。他所调查的半年前身份不明女性被害案竟意外地与八咫神村有关係。而村中又发生了第二起案件。