报恩寺之名，系取自《佛说心地观经》和《大方便佛报恩经》中“报父母恩、众生恩、国土恩、三宝恩。”禅寺始建于南朝梁代梁武帝萧衍天监（公元502年－519年）年间。原址在溧城西北50华里处，在今上兴、上沛镇一带。

报恩寺的建立正值佛教鼎盛时期。南朝宋、齐、梁、陈各代皇帝都笃信佛教，佛教几乎成了“国教”。梁武帝信佛教，曾4次捨身于建康（今南京市）城中最大的寺院同泰寺。他对佛教的推动发展起到推波助澜的作用。唐诗人杜牧曾歌吟：“南朝三百六十寺，……”可以想见当时崇楼峻阁、高台宝塔耸入云天的壮观景象。