字澄叔，崇明姚沙人。原系杨氏家奴，因不堪其虐待，杀其主而避迹海上。与张瑄结伙贩私盐，后沦为海盗。因此熟悉南北海道诸岛门户。后受宋朝廷招安。宋亡后，朱降元。至元十二年（1275年），运管军千户。至元十三年，受元朝丞相之命，将南宋库藏图籍运至大都。至元十六年，朱随都元帅张弘征战被升为武略将军。

至元十九年，朝廷寻求南粮北调的运输路线时，朱清、张瑄建议海运，被採纳。两人移居太仓，与上海总管罗壁造平底海船60艘，自刘家港运粮4万石至京师，开创了元代海运。以后，运粮数逐年增加，最高达三百多万石。由于朱清、张瑄开发海运，太仓发展成为东南沿海的大港，富庶繁华，朱清由都漕运万户，累官至河南行省左丞。

朱清、张瑄还置办大批海船，与东南亚诸国通商，使太仓成为盛极一时的“六国码头”。