白塔寺是重建于明初（1451年），重建后改称妙应寺，现共保留有山门、钟鼓楼，重建于1998年，天王殿、意珠心境殿、七佛宝殿及塔院内的具六神通殿和佛舍利塔。现馆内白塔，是当时元大都城中最高的建筑，今天已成为北京地区惟一完整的元大都城文化遗存。 白塔原址曾有一座同样十分重要的佛塔，由辽代享有盛名的密教高僧道赈（zhen）所建，寺名永安寺。

元至元八年（1271），元世祖忽必烈亲自到此勘查选址，敕令重建白塔，白塔就是在辽代永安寺的原址上从建塔开始重新兴建。1279年（元至元十六年）落成，历经8年。白塔的落成，为元大都城大增异彩。

《元史》中记载有：“金城、玉塔”、“京城为之生辉”之美誉。白塔的建造者是八思巴法王推荐的尼泊尔工艺家阿尼哥，阿尼哥被尼泊尔人民奉为“民族英雄”。白塔寺成为尼泊尔各界朋友的重要参拜圣地，白塔也成为中尼两国文化交流源远流长的历史见证。

为白塔装藏开光的是爱国爱教大师八思巴法王的弟弟仁钦坚赞大师，他于1274年到达大都，接任八思巴的帝师之职。此时，白塔开始兴建，他按照藏传佛教萨迦派的仪轨设计完成的。

白塔承载了大都城大量的历史文化信息，由于它的特殊历史地位和文物价值，白塔于1961年3月4日被国务院列为全国第一批重点文物保护单位。 元至元十六年（1279）白塔建成后，元世祖忽必烈令以白塔为中心向四方各射一箭，界定寺址（据考证当时的一箭约合200米），占地约16万平方米，时称“大圣寿万安寺”。万安寺于至元二十五年（1288）落成，历时九年。作为一座皇家寺院，它的规模宏大，殿宇众多，一如“内廷之制”，饭僧达7万之众。成为元朝皇帝祭祀祈福活动的中心，同时这里还是最早的翻译维吾尔文和蒙文佛经的场所。

元朝末年1368年，一场天降雷火烧毁了大圣寿万安寺，随着元朝一起消亡，所幸的是白塔尚存。

明天顺元年（1457），宛平县郭福请命朝廷，后明英宗敕令重建寺院，改称“妙应寺”，占地面积只有1万多平方米，仅为元代的1/10。因寺内有白塔，民间百姓习惯地称为“白塔寺”。

进入清代，藏传佛教再次受到推崇，作为北京最古老的藏传佛教寺院，白塔寺也自然受到统治者的器重。投入巨资，进行修复。其目的就是清朝皇室为了和蒙藏首领在宗教文化上营造一种亲近融合的气氛，最终巩固统治，白塔寺也因此进入了再度的辉煌时期。

1976年唐山大地震把塔剎震歪，1978年大修时发现一批于清乾隆十八年（1753），乾隆皇帝大修白塔时，在塔剎敬装的佛教镇寺之宝，包括镶嵌有44颗红宝石的赤金舍利长寿佛、7000余卷的《大藏经》、缀有上千颗珍珠、珊瑚、宝石的五佛冠、袈裟等，其中乾隆御书的《般若波罗密多心经》、《尊胜咒》的装饰故宫也没有，特别是在多层密封的黄檀木观音像下珍藏着33颗佛陀舍利，色白晶莹，是难得一见的无价之宝。宝物一经出塔，备受各界重视，这也是清朝中央政府于西藏地方关係及对藏传佛教政策的真实体现。

民国初年，喇嘛迫于生计，开白塔寺庙会之先例，每月“逢五、六”开市。即每月共六天的庙会，这种形式一直持续到1958年左右。在短短的几十年中，白塔寺形成了老北京的市井文化的一个重要场所，山珍百货、风味小吃、说书唱戏、十八般武艺应有尽有，名角辈出，极大地丰富了当时京城百姓的物质和文化生活，至今为老北京市民所津津乐道。

新中国成立后，白塔寺再获新生，数次修缮。由于文革的破坏，1969年白塔寺的山门、钟鼓楼被拆除，两侧殿堂

僧舍被百姓和工厂占用。1997年北京市政府投巨资、下大力，启动了“打开山门、亮出白塔”工程，重建东西两侧殿堂僧舍和山门钟鼓楼。2003年恢复白塔寺西路，使整个院落焕然一新，再现当年的风貌，以崭新的姿态喜迎八方来客。 可以说，现在的白塔寺包括辽、元的遗址、明代的格局、清代的建筑，这是白塔寺的一大建筑特点。

白塔的形制源自古印度，窣堵坡式佛塔。其基本结构和含义是：地面构造包括：塔基呈方形折角须弥座，代表着构成世界的元素之“地”，塔身之上为覆钵体，好似僧人用的钵盂倒置，所以又称为覆钵式塔，这部分代表“水”，覆钵上是13天，又称相轮，13层相轮佛塔代表着最高等级，供奉释迦佛舍利塔，这部分代表“火”，13天之上是直径为9．7米的华盖，四周垂挂36片铜质华鬘，下边各垂有风铃，华鬘代表风，又象徵佛张伞盖，庇护众生，华盖之上是铜质镏金宝顶，高约4．2米重有4吨。

白塔为我国现存最早最大的藏式佛塔，高51米、面积为810平方米。白塔是进入中原地区的第一座藏式佛塔，十分壮观，精美绝伦。今天，虽历经沧桑岁月，雄姿犹在。