1998年6月28日玉溪撤地设市，“玉溪地区国家税务局”更名为“玉溪市国家税务局”，原“玉溪市国家税务局”更名为“红塔区国家税务局”，其他八个县国家税务局的名称及隶属关係等均不变。

玉溪市国家税务局现辖九个县（区）局，即：红塔区国家税务局、通海县国家税务局、江川县国家税务局、澂江县国家税务局、华宁县国家税务局、易门县国家税务局、峨山县国家税务局、新平县国家税务局、元江县国家税务局。市局有内设机构9个，即办公室、政策法规处、流转税管理处、所得税管理处、进出口税收管理处（含国际税务管理职责）、徵收管理处、计画统计处（含财务管理职责）、人事教育处、监察室；直属机构：2个，即稽查局、玉溪经济技术开发区国家税务局（非全职能局）；事业单位：3个，即信息中心、机关服务中心、培训中心。同时，设离退休干部办公室、机关党委办公室。

玉溪市局把信息化作为征管改革和推进各项工作的突破口，全市国税系统建成了11个区域网路和1个广域网，2002年9月1日顺利上线运行CTAIS，税收征管实行了历史性的跨越。涌现了以 “九小软体”为代表的一大批技术创新的成果。基本脱离了传统的办公模式，纸质传递方式逐步推出历史舞台，行政管理系统的决策、指挥、协调、执行、反馈大量通过网路方式进行，全盘工作的效率大幅提高。被国家税务总局评为信息化建设先进单位，被省国税局评为推广套用综合徵管软体特殊荣誉奖。

2005年玉溪市国家税务局被中央文明委授予全国文明单位称号，成为全省国税系统的第一个全国文明单位。全市国税系统被部级表彰的单位有13个，被部级表彰的个人3名；被厅级表彰的单位有53个，被厅级表彰的个人44人。有3个单位被国家税务总局命名为全国税务系统文明单位；全市国税系统被省局命名为文明系统。

在全市国税系统开展以加强领导班子建设为龙头，以个人学习和团队学习为基础，以组织活动为载体，以绩效考核为机制，以发现和解决工作中存在的问题为重点，以建设一流的队伍、实行一流的管理、创造一流的业绩为目标的创建学习型国税组织活动方兴未艾。1994年全市国税系统干部职工688人，其中具有大专以上学历的141人，占20.49%。2007年全市国税系统干部职工765人，其中具有大专以上学历的641人，占83.79%。有12人获云南省国税系统业务能手称号。

玉溪市国税系统下设9个县区局，11个直属分局。全系统共有干部职工995人，其中：在职干部职工734人，离退休干部职工261人；在职干部职工中，党员437人，占59.54%；大专以上学历699人，占95.23%。市局机关内设机构13个，有干部职工150人，其中，在职110人，离退休40人。在职干部职工中有：共产党员92人，大专以上学历109人。

机构分设以来，玉溪市国家税务局坚持依法治税原则，将应收尽收作为税收征管的最高目标，作为玉溪国税文化的核心价值和主要内容，以组织收入为中心，强化税收征管，建立欠税预警机制，充分发挥执法责任考核追究机制，最大限度地避免税款拖延、漏报、漏缴的情况发生，加强税收宣传，营造社会良好的纳税环境。1994年至2007年，全市共组织入库国税收入1693.17亿元，占全省同期税收收入5328.48亿元的31.78%。从2004年起，实现了连续四年无新增欠税的目标。

玉溪市国家税务局下辖红塔区、通海县、江川县、澂江县、华宁县、易门县、峨山县、新平县和元江县9个县（区）国家税务局，截至2014年底，全系统共有在职干部职工698人，其中：党员干部434人，占62.18%；大专以上学历干部648人，占92.84%，全系统共有登记开业纳税人82280户。2012年，全系统组织入库税收收入309.31亿元，同比增收34.73亿元，增长12.65%；2013年，全系统组织入库税收收入329.05亿元，同比增收19.74亿元，增长6.38%；2014年，全系统组织入库税收收入353.5亿元，同比增收24.45亿元，增长7.43%。

玉溪市国家税务局是主管全市国家税收的职能部门。其主要职责是：

1、贯彻执行国家的税收法律、法规和规章，结合本地实际情况，研究贯彻执行意见。

2、根据本地经济发展规划，研究制定本系统税收发展规划和年度工作计画并组织实施。

3、根据经济税源和省局下达的税收计画，编制、分配和下达本系统税收收入计画并组织实施。

4、负责本地中央税、中央地方共享税等税种的徵收管理工作；负责增值税专用发票、普通发票和其它税收票证的发售和管理工作。

5、负责监督检查本系统的税收执行情况；负责税务行政处罚听证，行政複议和诉讼工作。

6、负责本地进出口税收管理和涉外税收的征管工作。

7、负责本系统税收会计、统计工作。

8、负责本系统经费、财务、基本建设和资产管理工作，负责审计和政府採购工作。

9、负责本系统机构、编制和人事管理工作。

10、负责本系统思想政治工作，精神文明建设和基层建设；负责教育培训管理工作。

11、负责本系统的纪检、监察工作。

12、负责本系统税收信息化、现代化工作的规划和实施，建设和管理信息系统。

13、分析税收信息，掌握税收动态，组织税法宣传工作。

14、承办省国税局和地方人民政府交办的有关事项。

内设机构

1、办公室

负责机关政务、事务及文秘工作。

2、政策法规处

负责税收政策法规宣传、教育、执法监督追究、税务案件审理和税务行政诉讼、複议、赔偿、听证等工作。

3、流转税管理处

负责增值税、消费税、车辆购置税（包括完税证明）等流转税类税收政策、业务管理。

4、所得税管理处

负责企业所得税和储蓄存款利息所得税等所得税类政策、业务管理。

5、进出口税收管理处

负责进出口税收及涉外税收政策、业务的管理。

6、徵收管理处

负责税款徵收、税收管理及税收法律、法规的组织实施。

7、计画统计处

负责税收计画、税收会计、统计和票证的管理及税源税负分析和系统财务、基本建设、装备和资产的管理和监督。

8、人事教育处

负责本单位的人事管理、干部培训教育、精神文明建设工作。

9、离退休干部管理办公室（副科级，挂靠人事教育处）

负责机关离退休干部的管理和服务工作，指导本系统离退休干部的管理和服务工作。

10、监察室

负责本系统各级国税机关及工作人员的纪律检查、行政监察和党风廉政建设工作的管理和监督。

11、机关党委办公室

负责机关和直属机构、事业单位的党务、纪律检查、工会、共青团、妇联工作。

直属机构

玉溪市国家税务局稽查局

负责组织、指导、协调和监督本系统的税收检查工作和涉税违法案件的查处。

事业单位

1、信息中心

负责本系统税收信息化建设，为税收行政管理、税务行政执法提供信息保障与服务。

2、机关服务中心

负责本级机关后勤事务的组织管理工作。

开发区国家税务局

（非全职能局）

负责辖区内的税收徵收和税源管理工作。

县（区）国家税务局

红塔区国家税务局

通海县国家税务局

江川县国家税务局

澂江县国家税务局

华宁县国家税务局

易门县国家税务局

峨山县国家税务局

新平县国家税务局

元江县国家税务局

玉溪高新技术开发区国家税务局