文化大革命期间，由于二简字的推行，大陆很多地区萧姓族人的姓氏被写作“肖”，出自大禹贤士伯益后裔。据有关资料所载，古代嬴姓各部族首领伯益之后作士于萧，便以萧为姓，其后代延袭姓萧。起源可追溯到3000多年前的殷商时期。据史籍记载，伯益是个很能干的人，舜时曾负责掌火，“烈山泽而焚之”，使禽兽逃匿，开闢了许多农田；又跟随禹跋山涉水疏通河道，救万民于水火。伯益的巨大功绩使他的子孙得到封赏，其中一个叫孟亏的，被分封至萧地（今安徽省萧县西北），建立了萧国，并以国为氏。萧孟亏是萧姓第一人。

据《元和姓纂》、《古今姓氏书辨证》等有关资料所载，为周代宋国微子启的后裔。《通志·氏族略》：“萧氏，古之萧国也，其地即徐州萧县，后为宋所并，微子之孙大心平南宫长万有功，封于萧，以为附庸，宣十二年楚灭之，子孙因以为氏。”《元和姓綦》也持此说。由于宋微子是殷商后裔，而萧国是由微子之孙大心所建，故萧姓源流可追溯到上古圣君商汤。

据《续通志·氏族略》、《姓氏词典》、《古今姓氏书辨证》等有关资料所载，汉朝时巴哩、伊苏济勒、舒噜三族被赐姓萧，两晋南北朝时契丹巴哩、伊苏济勒、部噜三氏改姓萧。据《辽史·列传·后妃》记载：“太祖慕汉高皇帝，故耶律兼称刘氏，以乙室、拔里比萧相国，遂为萧氏。”辽后族以兰陵为郡望，并自称其先祖是兰陵人，把自己附会为西汉宰相萧何的后裔。据《续资治通鉴》记载，有辽一朝“姓氏止分为二，耶律与萧而已。”可见契丹各族中萧姓群体的规模是相当可观的。

据今中国江西省南昌市南昌县菏山村就以肖氏宗亲居住，以姓氏为肖。