1991年，杨万志出任大型项目《西崑侖山1∶50万甚低密度化探扫面》的技术负责，这是新疆崑仑山第一个甚低密度化探项目，工作地区涉及崑仑山、喀喇崑仑山和帕米尔地区，区内山高谷深，人烟稀少，高寒缺氧，冰雪皑皑，野外施工难度和技术难度极大。在认真研究景观条件基础上，杨万志提出初步构想，并就有关技术问题，虚心请教任天祥等国内知名化探专家，综合专家意见，制定的施工方案，确保了方法的可行性和有效性。成果报告编写时，引用张本仁教授的区域地球化学理论和研究方法，在区域地质构造、成矿特徵和控矿因素等方面，提出了许多新的见解，大大丰富了成果报告内容。项目成果最终获原地矿部勘查成果三等奖。
1999年，国土资源大调查项目启动。为吸引优秀队伍参与国土资源大调查工作，中国地质调查局首批拿出6个项目在全国公开招标，《新疆西崑侖尼雅河中上游1∶20万区域化探》是其中之一，野外施工难度和技术难度最大。受单位委託，杨万志承担《技术投标方案》的编制，在与全国强手角逐中，以雄厚实力、最佳技术方案和完善组织措施中标。
尼雅河中上游地区，处于藏北高原西北部及其与塔里木盆地的过渡带，山高谷深，高寒缺氧，乾旱荒凉，属典型的无人区，60%的区域车辆无法进入，通行和物资供应极端困难，是青藏高原及周边地质工作条件最艰苦的地区之一。区内有4条水域，因环境艰险，曾是地质工作空白区，累计面积达4000km2。为按时完成野外工作，并按任务书 “力求控制整个测区”的要求，杨万志作为项目负责，哪里艰苦那里去，哪里危险那里去。除了组织项目生产外，还作为一名技术骨干，承担繁重的野外生产任务，在崑仑山严酷的自然环境中，一工作就是7个月。从分区上，他选择车辆无法进入的高山峡谷区；从工作安排上，他总是给自己最长的路线。前人地质工作空白的4条水域，有三条是他亲自带头，硬是靠背负肩扛所需生产生活用品，风餐露宿，跋涉于急流险滩中，不折不扣全面完成工作。
为保证中国地质调查局招标项目《新疆西崑侖尼雅河中上游1:20万区域化探》高质量完成，杨万志自始至终身先士卒，作为项目负责、主要图件的编制者、成果报告的统稿人和核心内容地球化学特徵的执笔、主要结论的提出和论证人、野外工作组织者和主要直接生产人员、主要基础地质成果资料的直接收集者，付出了大量心血和艰苦劳动。项目成果经中国科学院院士、国际知名勘查地球化学家谢学锦和中国科学院院士、国际知名大地构造学家肖序常等评审鉴定：认为本项目“取得了丰富的地球化学和地质矿产信息及丰硕的科研与找矿成果，经讨论，通过该报告的评审，总体成果达到了国际先进水平。”并于2003年，获新疆维吾尔自治区科学技术进步三等奖。
杨万志先后主持完成 “西崑侖山1∶50万甚低密度化探扫面”等5个基础地质调查项目；作为技术骨干参与了“塔里木地块周边地区成矿地质条件和找矿远景研究”、“新疆天山—北山成矿带成矿规律和找矿方向综合研究”等重大地质科技攻关项目；还参与了《新疆矿产资源十五规划研究》和《新疆矿产资源十一五规划研究》编写等工作，为新疆地质勘查献计献策。
2004年，杨万志承担起了“新疆东天山靶区优选与地质工作部署研究”任务。为扭转目前东天山铜矿地质找矿的徘徊局面，继续推进该区铜矿找矿工作，中国地质调查局下达专题任务，进行找矿部署研究。接受任务后，该同志克服任务重、压力大、资料繁多、涉及技术层面广等诸多难题，经过一年多艰苦细緻的工作，在认真分析东天山与铜矿密切相关的成矿地质背景、成矿条件、控矿因素、铜矿分布规律、地球物理和地球化学特徵及其与铜矿关係的基础上，对东天山主要铜矿带的延伸进行了推断，从而扩大了斑岩铜矿和铜镍硫化矿床的找矿领域，指出斑岩铜矿和铜镍仍是最具找矿潜力的铜矿类型，是下一步主攻目标。这一认识在中期研讨时，得到了地调局主管专家和领导的重视，坚定了地调局将东天山继续作为国家铜矿找矿重点区并纳入国家地质调查十一五规划的信心，对东天山铜矿找矿产生长远影响。

杨万志先后被共青团新疆地质矿产局委员会授予“新长征突击手”，被自治区党委经济工作部、自治区团委、自治区经委、自治区总工会授予“优秀青年班组长”，被中国地质调查局授予“地质调查先进工作者”，多次被单位评为“先进生产者”、“双文明个人”，两次获新疆地矿局“劳动模範”称号，并在地质科技领域获原地矿部勘查成果三等奖一次、国土资源科学技术二等奖一次、新疆科学技术进步三等奖一次、新疆科学技术进步二等奖一次。2010年获全国先进工作者称号。