徐树祥1966年出生于湖北省黄梅县柳林乡望江村。1982年考入中国电子科技大学（四川成都市）套用数学系本科；1986年获该大学本科学士学位，并被免试推荐在该大学套用数学系攻读硕士；1989年获该大学硕士学位。毕业后被湖北工业大学理学院聘为教师，工作至1996年。

1996年徐树祥高分通过托福考试，荣获澳大利亚西悉尼大学（University of Western Sydney）奖学金，于该年7月赴该大学留学攻读博士学位。1999年获该大学计算机科学博士学位，并被澳大利亚塔斯马尼亚大学聘为教师，工作至今。