1958年，包头医学院成立。

1959年和1961年，包头市卫生学校和内蒙古卫生干部进修学院先后併入包头医学院。

1965年，改为包头医学专科学校。

1978年，教育部批准恢复包头医学院。

1997年，通过原国家教委本科教学工作合格评估。

2003年6月，教育部决定包头医学院与包头钢铁学院、包头师範学院合併组建内蒙古科技大学，

2004年12月，内蒙古自治区人民政府批准内蒙古科技大学分为三个具有独立法人资格的办学实体，原包头医学院冠名为内蒙古科技大学包头医学院。

2008年，在教育部本科教学工作水平评估中被评为“优秀”，是自治区级文明单位。

学院设有研究生院、临床医学院、基础医学与法医学院、公共卫生学院、护理学院、医学技术学院、口腔学院、麻醉学院、药学系、人文社科学院、网路与信息中心、外语系、体育部、运动与康复学系、马克思主义学院、医学继续教育学院、职业技术学院（市卫校）等17个教学单位，有4所附属医院（其中两所直属附属医院、两所非直属附属医院）。

学院现开设临床医学、预防医学、放射医学、卫生检验、医学检验、护理学、麻醉学、口腔医学、医学影像学、法医、药学等10个本科专业， 其中临床医学为自治区级品牌专业；预防医学为国家重点专业；设有医学检验技术、眼视光技术、医学影像技术等8个专科专业。学院1958年开始招收本科生，现有普通高等教育本专科在校生4680名（其中普通本科生4044名），攻读硕士学位研究生222名。本科各专业招生範围以内蒙古自治区为主，同时面向全国招生。

学院从1980年开始招收研究生，1985年获得硕士学位授权资格。现有生物化学与分子生物学、人体解剖学与组织胚胎学、营养与食品卫生学、内科学、外科学、急诊医学、儿科学、生理学、神经病学、卫生统计与流行病学、遗传学、思想政治教育学等12个硕士学位授予权学科，具有同等学力人员申请硕士学位的授权资格。生物化学、人体解剖学、风湿免疫病学、心血管内科学为自治区教育系统重点学科，药理学和生理学为自治区教育系统重点培育学科，消化病学、肾内科学为自治区卫生系统重点学科，急诊急救学为自治区卫生系统领先学科，人体解剖学实验室和医学生物化学实验室为自治区卫生系统重点实验室，人体解剖学为自治区示範课程,基础医学实验中心和公共卫生实验技术中心为自治区实验教学示範中心，人体解剖学、生理学、生物化学与分子生物学、流行病学、药理学、营养与食品卫生学、环境卫生学等7门课程为自治区精品课程。内蒙古基因诊断研究所、内蒙古套用解剖研究所、内蒙古消化病研究所、内蒙古高血压病研究所、内蒙古自治区全科医学培训中心、内蒙古自治区学校卫生人员培训基地以及包头市环境医学研究所等设在包头医学院。

学院现有专任教师379人，其中具有硕士及以上学位的教师193人，占50.92%。全院现有教职工2354人（含直属附属医院），其中正高职称197人，副高职称432人。有硕士研究生指导教师163人，享受政府特殊津贴专家17人，自治区有突出贡献专家6人，自治区321人才工程第二层次人选7人，自治区高等教育人才培养111工程人选1人，自治区五一劳动奖章获得者1人。

2000年以来，学院先后承担各类科学研究项目318项，其中国家级项目13项，省部级项目141项，包头市项目164项。获省部级以上科研成果奖励21项，科技成果推广项目32项。近三年共承担省部级以上教学研究项目14项，获各类教学成果奖励7项。

学院主办的《包头医学院学报》是由国家新闻出版署批准在国内外公开发行的科学技术类刊物，2000年以来先后被《中国核心期刊资料库》、《万方数据资源系统》、《中国生物医学期刊资料库》、《中文科技期刊资料库》、《中国学术期刊综合评价资料库》等多种检索系统收录，2007年获得第二届北方优秀期刊奖。

2003年以来，两所直属附属医院投资近2亿元，购置大型医疗与教学仪器设备520台件，建设病房大楼4.3万平方米。学院在区内外还有2所非直属附属医院、13所教学医院、16所实习医院、31所公共卫生教学基地、4所药学专业教学基地、6所法医学专业教学基地、7所自治区全科医学教育培训基地。

学院与北京大学医学部、首都医科大学、天津医科大学、山东大学医学院、西安交通大学医学院等国内多所知名院校建立了密切合作关係，与英国设菲尔德大学、韩国极东大学建立了友好关係，与英国北方总院、巴恩思利医院、设菲尔德大学儿童医院建立友好协作医院，并聘请了部分国内外知名人士为名誉教授。

学院多次获得国家、自治区和包头市的表彰奖励，先后获得抗击非典先进单位、先进基层党组织、文明单位标兵、无偿献血先进单位、民族团结进步先进集体、综合治理工作先进单位、内蒙古百姓口碑最佳单位、大学生社会实践先进院校等荣誉称号。中国教育电视台、内蒙古电视台、内蒙古日报、包头电视台、包头日报等多家媒体报导了学院改革发展的成就。

学院坚持社会主义办学方向，坚持党委领导下的院长负责制，坚持集体领导与个人分工负责相结合，不断深化改革，推动学院又好又快地发展。当前，学校认真贯彻落实十七大精神，进一步发挥学科优势，狠抓本科教学质量，提高学科层次，同时加强附属医院的医疗、临床教学等工作，教学质量和办学效益有了显着提高。广大师生员工、医护人员在院党委的正确领导下，全面落实科学发展观，按照构建社会主义和谐校园的要求，心往一处想，劲往一处使，拧成一股绳，团结一致，开拓进取，扎实工作，为创建全新和谐、充满生机活力的包头医学院而努力奋斗。